馬鈴薯鮮薯含水分達(dá)80%左右，比一般作物種子難以貯藏。許多地方馬鈴薯一般采用入窖貯藏，因此，新薯入窖前應(yīng)把老窖打掃干凈，并用蘇打水噴一遍消毒滅菌，才能入窖貯藏。入窖前要嚴(yán)格剔除病、傷、蟲咬薯塊，防止入窖后發(fā)病。在窖內(nèi)堆放的薯塊高1—2米，易發(fā)芽品種，堆高應(yīng)低些。長期貯藏的塊莖，溫度為2—4℃，濕度為85%—90%，可保持塊莖新鮮不發(fā)芽。另外還須經(jīng)常檢查貯藏塊莖，注意通風(fēng)換氣，在薯堆頂部覆蓋干草或麻袋片等吸濕，可加快水分散發(fā)。

冬季貯藏，也可將塊莖放入挖好的土溝中，上蓋15厘米淺沙土，再在上面覆蓋稻草，保持1—5℃的溫度，春季溫度升高時，保持10℃以下。也可在室內(nèi)較溫暖處堆貯或架貯。

商品薯貯藏不能見光，以免積累龍葵堿毒素，并要控制溫濕度。在2—4℃低溫下貯藏，利用淀粉轉(zhuǎn)化為糖，食用時甜味增加，不影響食用品質(zhì)。種薯貯藏溫度應(yīng)控制在1—5℃之間，否則容易發(fā)芽。如不及時處理，會大量消耗塊莖養(yǎng)分，降低種薯質(zhì)量。如無法降溫，應(yīng)將種薯轉(zhuǎn)入散射光下貯藏，抑制幼芽生長。一般在陰涼通風(fēng)的地方架藏，用竹木作架床，分層放薯，架間通風(fēng)，也可用地下室作為冷庫貯藏。

加工用薯貯藏溫度不宜太低。在4—5℃下貯藏不會發(fā)芽，但淀粉容易轉(zhuǎn)化為糖，對加工產(chǎn)品不利。生產(chǎn)中為防止塊莖發(fā)芽，延長貯藏期，一般在4℃下保藏。為提高加工產(chǎn)品質(zhì)量，一般在加工前2—3星期將準(zhǔn)備加工的塊莖放在15—20℃下處理，使糖逆轉(zhuǎn)為淀粉。